Цитата: А комиссию за платежи через р/с тоже ведь можно включить?
Можно, но только в отношении тех платежей, которые относятся к деятельности на ОСНО (выберите эти суммы вручную и составьте реестр с указанием реквизитов банковского ордера и вашего платежного документа, чтобы потом при необходимости легко было перепроверить).
Цитата: На счет страховых взносов за работников- за декабрь мы должны были перевести в январе, но сделали это в конце декабря. их теперь нельзя включить получается.
Это расходы 2016 года. И если тогда их не учли, то можете подать уточненную декларацию за 2016 год.
Цитата: А за январь страховые взносы мы перевели в феврале, они тоже не войдут в расходы за январь?
Войдут, потому что фактически относятся к деятельности на ОСНО, а налоговый период по НДФЛ - календарный год.
Цитата: И страховые взносы за ИП мы перевели в бюджет не в январе, но их мы получается можем включить в расходы за январь только не полностью, я правильно понимаю?
Да, можете включить, рассчитав долю, приходящуюся на январь.